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Prólogo[]
Bionis e Mechonis se enfrentando
Há muito tempo atrás, quando o mundo não era nada mais do que um oceano infinito, dois deuses, Mechonis e Bionis, lutaram por toda a eternidade. A batalha continuou até que Bionis cortou o braço de Mechonis, e os dois deuses então perfuraram um ao outro com suas espadas. Com o passar do tempo, surgiu vida sobre os corpos sem vidas dos dois titãs, sendo os Homs de Bionis e os Mechon de Mechonis, cujas duas raças dariam continuidade a batalha de seus respectivos deuses.
Éons mais tarde, no Vale da Espada (Sword Valley), o exército de Homs estavam lutando contra a invasão dos Mechon. Os Homs estavam em desvantagem e começaram rapidamente a perder terreno para os Mechon, recebendo ordens para evacuar e retornar a Colônia 6, onde eles iriam realizar uma última resistência. Dunban, o atual usuário da lendária espada Monado, a única arma que podia perfurar os Mechons, decidiu ignorar as ordens e continuar enfrentando os Mechons, ao lado de Dickson e Mumkhar. No entanto, Mumkhar fugiu do local, e planejava retornar assim que Dunban e Dickson estivessem mortos, para pegar a Monado para si, mas acabou morrendo para os Mechon no processo. Dunban, junto com seu companheiro Dickson, foi capaz de trazer a vitória para os Homs, destituindo a todos os Mechon, e ganhando o título de "Herói dos Homs". No entanto, Dunban não foi capaz de se recuperar completamente da Monado, e após a grande batalha, ele não era mais capaz de usar o seu braço direito e quase morreu por causa dos ferimentos.
Colônia 9[]
Um ano após a Batalha do Vale da Espada, um jovem desenvolvedor de armas chamado Shulk estava procurando por materiais entre os restos dos Mechon no Local de Destroços de Mechons quando ele é atacado por um monstro. Reyin, um amigo próximo de Shulk, o salva e os dois retornam para a Colônia 9. Como sua pausa havia acabado, Shulk se dirigiu para a Força de Defesa, pois o Coronel Vangarre não ficaria nada contente se ele se atrasasse. Shulk retorna ao Laboratório de Desenvolvimento de Arma, onde Dickson o cumprimenta. Os dois então começam a falar sobre a Monado, a qual Shulk esteve investigando por um tempo. Shulk acredita que a espada possui poderes ocultos, que nem mesmo Dunban conseguiu utilizar. De acordo com ele, o símbolo no centro da espada mudaria quando um novo poder fosse utilizado. Dickson então diz a Shulk que ele anda passando muito tempo no laboratório, e o mandou embora para pegar um pouco de ar fresco. Shulk concorda e vai até o Outlook Park.
Enquanto isso, Fiora estava levando comida para seu irmão mais velho, Dunban, o qual ainda estava sentindo os efeitos da Monado em seu braço direito. Após conversarem, seu irmão a convence a levar comida para Shulk. Embora estivesse um pouco hesitante, pois se preocupava em deixar Dunban sozinho, ela acabou concordando. Ao sair de casa para ir até o laboratório de Shulk, Fiora se encontrou com Dickson, o qual disse a ela que Shulk estava no Outool Park.
Ao chegar no parque, ela encontrou Shulk sentando em um banco embaixo de uma árvore, observando a paisagem. Ela então se junta a ele, o entregando o lanche que havia preparado. Os dois conversaram por um tempo, até que um destroço caiu do céu, fazendo com que os dois retornassem para a colônia, onde estaria protegidos pelas Baterias Anti-Aéreas.
Os dois então retornaram para o laboratório, onde Reyn estava esperando por eles para pedir um favor a Shulk. Reyn acaba pegando a Monado, mas não tem controle sobre a espada e é arrastado por ela por toda a sala. Ele acaba cortando uma das máquinas de Shulk e acerta Fiora, mas felizmente Monado não pode ferir os Homs. Fiora então fica irritada que Shulk ficou mais preocupado com a máquina danificada do que com ela. Shulk então pergunta qual favor Reyn queria pedir, ele então pede para Shulk o acompanhar até as Ruínas de Mag Mell, para o ajudar a obter Cilindros de Éter para a Artilharia Móvel da colônia, a qual havia batido em uma casa e o seu éter havia vazado. Shulk aceita, mas Fiora fica preocupada com ele e não confia em Reyn para o proteger, ela então parte. Shulk e Reyn então se dirigem para a Caverna de Tephra.
Ao chegarem na entrada da caverna, os dois acabam encontrando Fiora, a qual entrega a eles os recipientes de Éter que eles haviam esquecido e afirma que irá junto deles. Os três então adentram na caverna. Ao chegarem nas Ruínas de Mag Mell, os três conversam sobre o local, e Shulk afirma acreditar que o local era algum tipo de veículo construindo por uma civilização antiga. Após terminarem, os três continuam seu caminho até alcançar a saída, entrando em uma planície com vista para toda a Colônia 9. Eles então se dirigem para a área onde se encontravam os Cilindros de Éter, mas ao terminarem de coletar o que precisavam, eles foram atacados por duas máquinas estranhas que não eram Mechons. Ao derrotarem os inimigos, eles ouviram uma sirene soando na colônia. Ao correrem para fora, eles avistaram um exército de Mechons invadindo a colônia dos céus.
A Invasão[]
Embora as defesas da colônia estavam conseguindo manter os Mechons afastados, elas acabaram sendo destruídas quando um enorme Mechon com rosto apareceu. Os três então correram de volta para seu lar. Enquanto isso, Dunban deixa sua cama e manca para fora de casa, agonizando com a dor em seu braço.
Ao chegarem na Entrada Principal da colônia, os três foram atacados por um Mechon. Shulk e Reyn ficaram enfrentado a máquina enquanto Fiora foi checar seu irmão em casa. Embora não fossem capazes de derrotar o Mechon, os dois conseguiram o desativar. Fiora então saiu de casa, dizendo a eles que Dunban havia sumido. Shulk, suspeitando que ele havia ido atrás da Monado, correu até seu laboratória, junto com Reyn e Fiora, evitando todos os Mechons no caminho.
No Distrito Militar, os soldados estavam tentado enfrentar a invasão. No entanto eles não eram páreo para as máquinas, e os soldados começaram a fugir do local, com exceção do Coronel Vangarre. O Cara de Metal então apareceu, e apesar de o acertar com sua arma, o inimigo estava ileso. O robô então jogou um veículo em Vangarre, o qual acabou explodindo em cima do Coronel.
Shulk, Reyn e Fiora conseguiram chegar ao laboratório, no entanto a entrada estava bloqueada. Eles então tiveram a ideia de usar a Artilharia Móvel, para a qual eles haviam reunido Éter, para remover os escombros da passagem. No caminho eles acabam sendo emboscados por um grupo de Mechons, e Shulk diz a Fiora para ir na frente e reabastecer a Artilharia Móvel enquanto ele e Reyn distraíam os inimigos. Embora hesitante, ela acaba aceitando. Após enfrentam os Mechons por um tempo, escombros caíram e bloquearam a passagem para onde Fiora havia ido. Quando Reyn é atacado por um Mechon e é quase morto, Shulk é incapaz de o salvar, mas Dunban aparece a tempo empunhando a Monado, e salva os dois. Utilizando a lendária espada, ele facilmente derrota todos os inimigos, e os três então correm em direção a Fiora.
Incapazes de utilizar o mesmo caminho de Fiora, os três são obrigados a dar a volta em torno da colônia, mas ao chegarem na Entrada Principal, Dunban começou a sentir uma forte dor e acabou caindo no chão e derrubou a Monado. Ele pegou a espada novamente, apesar de Shulk e Reyn serem contra, mas ele acabou tossindo sangue e caiu novamente. Um grupo de Mechon acabou se aproximando deles, e sem outra opção, Shulk correm em direção da Monado e a agarrou. Ela então começou a brilhar em sua mão e ele teve uma visão de um Mechon o acertando, permitindo que ele escapasse do ataque. Ele acabou derrotando todos os inimigos com facilidade.
Os três correm então até Fiora, mas acabam se encontrando com o Cara de Metal no caminho. Mesmo com a Monado em mãos, o inimigo facilmente os derrota, já que a espada acaba não afetando o Mechon. Quando ele estava prestes a acabar com Shulk, ele foi acertado por trás por Fiora, a qual estava usando a Artilharia Móvel. Shulk então tem uma visão de Fiora sendo morta pelo Cara de Metal e grita para que ela fuja. No entanto, ela decide continuar lutando, mas o inimigo acaba cortando fora o braço a Artilharia Móvel e a derruba no chão. Fiora então começa a grita, enquanto o inimigo a mata. Shulk, com raiva ao ver a cena, correm em direção ao inimigo e o ataca com tudo. Após ser derrotado, o Cara de Metal voa para longe, deixando os três para trás.
No dia seguinte, Shulk está no Outlook Park, quando Reyn aparece. Reyn pergunta como Dunban está se sentindo com a perda de sua irmã, e Shulk diz que ele está sendo forte, agradecendo ao presente da vida que Fiora deu a ele. Shulk então diz que pretende ir atrás do Cara de Metal e se vingar por Fiora e Reyn concorda, pretendendo ir junto com ele. Os dois então planejam ir até a Colônia 6, a única outra colônia restante, esperando conseguirem informações sobre os Mechon lá. Os dois então partem, enquanto Dunban os observa da janela de sua casa, prometendo se juntar a eles quando estiver melhor. Dickson, o qual também estava vigiando eles, começa a sorrir.
O Ninho das Aranhas[]
Shulk e Reyn se dirigem para a Caverna de Tephra, onde eles descobrem que uma das portas nas Ruínas de Mag Mell que estava anteriormente fechada, se encontrava aberta agora. Os dois então a atravessaram, mas um pouco a frente acabaram encontrando alguns viajantes da Colônia 6 mortos. Reyn então sugere que eles retornem os corpos dos mortos de volta para Bionis, os colocando em uma poça de água próxima.
Os dois então decidem descansar antes de prosseguir, fazendo turnos para vigiar. Enquanto dormia, Shulk teve um estranho sonho e uma visão. No sonho, um estranho fala com ele, dizendo que todos desejam mudar o futuro e que a Monado podia o ajudar a fazer isso, mas se Shulk encontrasse a "Verdadeira Monado", ele poderia fazer qualquer coisa com o futuro. A visão mostra Reyn sendo perseguido por aranhas até uma área gigante, onde ele é atacado por uma enorme aranha, a qual acaba o matando. Preocupado, Shulk prefere não contar a Reyn sobre sua visão. No entanto, Reyn acaba sendo capturado e Shulk corre atrás dele para o salvar. Após correr pela caverna atrás dele, Shulk o encontra cercado por aranhas.
A Rainha Aranha então desce do teto, e quando a visão de Shulk estava prestes a se concretizar, a Monado começou a brilhar, e Shulk utiliza uma nova Arte da Monado, criando um escudo em volta de seu amigo para o salvar. Após conseguirem derrotar a Rainha Aranha, os dois saem da caverna, tendo chegado ao joelho de Bionis. Deslumbrados com a linda vista, os dois observam o enorme Mechonis em pé a distância, cercado por milhas de água.
Os Refugiados da Colônia 6[]
Ao chegarem nas Planícies de Gaur na Perna de Bionis, os dois avistam uma fumaça. Ao se aproximarem, eles encontram um buggy com defeito. Shulk acha tudo muito estranho, já que o buggy parecia ser bem novo, e ninguém o abandonaria assim. Ao tocar o veículo, Shulk tem uma visão de um garoto sendo perseguido por dois enormes monstros. Os dois então procuram o garoto na área, o encontrando próximo a um lago, cercado pelos mesmos inimigos de sua visão. Shulk e Reyn enfrentam os monstros, enquanto o garoto se esconde. Após a batalha, o garoto, que se chama Juju, conta sobre o Campo de Refugiados. Após dar as instruções de como chegar ao campo e Shulk concertar o buggy do garoto, os três partem para lá.
Ao chegarem no campo, Sharla, a irmã mais velha de Juju e uma médica treinada, o repreende por ter fugido e tentando voltar para a Colônia 6 sozinho. Ao ser apresentada a Shulk e Reyn, Sharla os confunde com soldados da Colônia 6, por estarem usando o uniforme da Força de Defesa. Ela exige que Reyn a diga o que aconteceu com seu noivo Gadolt, mas Reyn diz não fazer ideia do que ela está falando, pois eles são da Força de Defesa da Colônia 9.
Após andarem um pouco pelo acampamento e conhecerem os refugiados, compostos de Homs e Nopon, sendo as únicas pessoas restantes da Colônia 6, os dois voltam a conversar com Sharla. Ela conta que eles fugiram há um mês atrás quando os Mechon atacaram a sua colônia e que seu Coronel, Otharon e Gadolt ainda estavam dentro da Colônia 6. Ela então fica horrorizada ao saber que a Colônia 9 também havia sido ataca pelos Mechon. Ao descobrir que os dois estavam indo em direção a Colônia 6, Juju implorou que eles o levassem, mas Sharla ficou irritada com ele por dizer isso, e o deu um tapa no rosto. Juju começa a discutir com sua irmã, mas Reyn intervém, e diz que ele deveria saber como ela se sente a respeito disso e que deveria a respeitar, ao que Sharla diz que Reyn a lembra de seu noivo, por ter chamado Juju de "criança". Juju então diz que irá fazer o jantar, e se retira do local. No entanto, enquanto conversavam os três ouviram o som do buggy. Ao saírem eles descobriram que Juju havia partido para tentar ir até a Colônia 6 sozinho novamente.
Shulk tem uma visão de um enorme Mechon matando Juju e Sharla. Reyn percebe, e conta a Sharla que Shulk pode ver o futuro. Embora não acreditasse nisso, ela acabou se juntado aos dois para ir atrás de seu irmão. Ela acredita que seu irmão foi em direção da Ponte Raguel, a qual foi fundada na época que os primeiros colonos da Colônia 9 vieram, pois era o caminho mais seguro até a Colônia 6. Enquanto isso, Juju acabou batendo na ponte com o buggy, o estragando novamente, continuando o caminho até a Colônia 6 a pé.
Sharla, Reyn e Shulk acabam encontrando o buggy de Juju no caminho. Ao chegarem no Vale da Espiral, eles encontram Juju, mas um Mechon M71, um Mechon com vários tentáculos, o agarra. Sharla tenta o salvar, mas Shulk então se lembra que é nesse momento que Sharla morria em sua visão. De repente, um novo símbolo aparece na Monado e Shulk cria uma aura envolta de Sharla, dando um grande aumento de velocidade para ela, permitindo que ela esquivasse dos tentáculos que estavam surgindo do chão. Após uma breve batalha contra o Mechon, ele foge para a parte superior do local que eles estavam, e o grupo o persegue, onde eles acabam a batalha e salvam Juju.
No entanto, Shulk percebe que o Mecho que eles derrotaram não era o certo, quando um outro Mechon com rosto aparece. Para a surpresa de todos, esse Mechon consegue falar. O Mechon com rosto então captura Juju e diz que irá esperar por Shulk na Colônia 6, mas diz para ele se apressar, pois estava ficando com fome. O Mechon então parte com Juju em mãos. Ao ver seu irmão sendo levado, Sharla acabou desmaiando.
Colônia 6[]
Algumas horas mais tarde, Sharla despertou no Campo de Refugiados, tendo tido um pesadelo com a morte de Juju. Reyn então promete a ela que ele e Shulk irão a ajudar a resgatar o seu irmão, e os três então partem em direção a Colônia 6. Ao chegarem na entrada da colônia, Sharla ressalta que o portão da frente deve estar fortemente protegido pelos Mechons e afirma que abaixo da colônia existe uma Mina de Éter, por onde seria o local mais seguro para entrar na colônia.
Os três então entram na mina, onde acabam se encontrando com Otharon. Shulk então tem uma visão de Otharon disparando no Mecho com Rosto enquanto caía em um lago de Éter. Shulk tenta o avisar sobre sua visão, mas acaba mudando de ideia, pois acha que Otharon não irá acreditar nele. Ao se aproximarem do fim da mina, Shulk acredita que eles devem esperar e vigiar os Mechon por um tempo, para ter certeza de que é seguro, mas Otharon fica irritado, o chamando de covarde, e parte na frente, deixando o grupo para trás. Reyn então percebe que Shulk teve uma visão, a qual ele acaba contando para Reyn e Shulka. Reyn diz que eles podem mudar o futuro, mas para isso eles precisam que Shulk não esconda deles sua visão. Shulk então promete que a partir de agora irá contar suas visões para o grupo e eles continuam avançando.
Ao chegarem na base da mina, o grupo é cercado por vários Mechons e o Mechon com rosto que sequestrou Juju, o qual se apresenta como Xord. Eles então veem Juju sendo mantido preso no ar por um campo de força triangular. Quando Sharla questiona onde estão os outros cidadãos da Colônia 6, Xord diz ter comido todos. O grupo então enfrenta Xord, mas são incapazes de o derrotar, pois o inimigo provou ser forte demais. De repente, Otharon, o qual estava escondido escutando a conversa deles, entrou em uma Artilharia Móvel que se encontrava no local e começou a enfrentar Xord por conta própria. No entanto, Shulk percebeu que esse seria o momento da morte de Otharon, como ele havia visto em sua visão.
Enquanto lutava contra Xord, Otharon o tentou empurrar no rio de Éter, para que ele fosse desintegrado. Quando Xord começou a cair, ele se agarrou na Artilharia Móvel, planejando levar Otharon com ele. Shulk, desesperado para impedir que sua visão se tornasse realidade, usou um guindaste móvel para agarrar Otharon. No entanto, uma explosão acabou fazendo com que o guindastes soltasse Otharon, o qual começou a cair em direção ao rio. Felizmente, Reyn conseguiu o agarrar a tempo.
Otharon, tendo descoberto sobre o poder de Shulk, o agradece e entrega o Rifle de Gadolt para Sharla. Tendo salvo Juju, o grupo partiu em direção da saída da mina, para chegar na Colônia 6. No entanto, enquanto estava em um enorme elevador, Xord, com o corpo completamente danificado, reapareceu. Dessa vez, causa aos danos causados pelo rio de Éter, o grupo conseguiu o vencer. Antes de morrer, Xord admite estar impressionado, pois Shulk conseguiu o derrotar sem nem mesmo ter liberado o verdadeiro poder da Monado. Quando Shulk pergunta o que ele sabe sobre o verdadeiro poder da Monado, Xord simplesmente responde que ele terá que descobrir a verdade por conta própria. Pouco antes de cair do elevador para sua morte, Xord diz que seus olhos se abriram quando ele se tornou o que era agora, deixando Shulk intrigado.
Ao saírem para fora, o grupo foi cercado pelo Cara de Metal e vários outros Mechon com Rostos similares a Xord. O Cara de Metal provoca Shulk, dizendo o quanto gostou de matar Fiora. O grupo o ataca, mas ele está em grande vantagem. De repente, Dickson e Dunban apareceram para ajudar o grupo, mas mesmo assim eles não eram páreo para os vários Mechons com rosto. No entanto, um misterioso pássaro apareceu, o qual o Cara de Metal e Dickson reconheceram como sendo um Telethia, uma criatura que protegia o corpo de Bionis. O pássaro acabou com a maioria dos Mechons e feriu o Cara de Metal, permitindo que Shulk o acertasse com a Monado. Shulk então tem uma visão onde ele se encontra em uma torre e enfrenta o Cara de Metal, facilmente o derrotando, e dentro do Mecho ele encontra uma pessoa.
Os Mechon então fogem, e o Telethia retorna para um Homs, o qual o pergunta sobre Shulk, afirmando que a muita coisa para fazer. Shulk então conta ao grupo sobre sua visão, e Dickson acredita que a torre em questão é a Ilha Prisão, na cabeça de Bionis, onde acreditasse que uma raça mística conhecida como High Entia vivem. O grupo então se dirige para lá.
O Pântano de Satorl[]
Para chegarem na Ilha Prisão, o grupo se dirige até o Pântano de Satorl, o qual se encontra na cintura de Bionis. Ao encontrarem um posto que, de acordo com Dickson, foi criado pelos High Entia e afastava as criaturas, eles decidiram descansar. Ao amanhecer, eles continuam sua jornada, chegando ao final do pântano. No entanto, para avançar eles precisam realizar uma cerimôinia criada pelos High Entia. Após juntarem os quatro itens necessários para realizar a cerimônia e derrotarem o guardião, eles conseguem prosseguir. Antes de avançarem para próxima área, Juju e Otharon decidem voltar para poder ajudar a reconstruir a Colônia 6, e Dickson decide ficar para trás também, no caso dos Mechon atacarem novamente a Colônia 9. Enquanto se afastava do grupo, Dickson murmura sobre como ele não gostava nada em enganar o grupo.
Quando o grupo se separou, Shulk pediu para que Dunban o deixasse ficar mais um pouco com a Monado, mas Dunban diz que ele deveria ficar com a espada, pois ele era melhor com ela do que ele já foi. O grupo então avança até a Floresta de Makna. Enquanto isso, em Mechonis, uma mulher trabalha em um Mechon com rosto, a quem ela se refere como Meyneth.
O Telethia[]
No interior da floresta, uma jovem garota e quatro soldados enfrentam um Telethia. Os soldados acabam sendo mortos e a garota, por ficar sem Éter, acaba desmaiando. Mais tarde, o grupo acaba encontrado essa mesma garota, e Shulk percebe que ela é a mesma garota que havia aparecido em sua visão. Ao examiná-la, Sharla percebe que ela precisa de Éter de água. Shulk então decide ir sozinho atrás do Éter, enquanto o grupo cuida da garota.
Ao encontrar o Éter, Shulk é confrontado pelo Homs que estava se comunicando com o Telethia anteriormente, o qual diz se chamar Alvis. Ele conhece Shulk e sabe tudo a respeito dele, dizendo que Shulk havia se tornado famoso entre os Homs. Os dois são então atacados por alguns Telethias, e ao tentar os enfrentar, Shulk era incapaz de se esquivar de seus golpes, mesmo utilizando suas visões para saber o que eles irão fazer. Alvis conta a Shulk que os Telethia podem ler mentes, sabendo o que Shulk irá fazer, independente de ele ter visões. Alvis afirma que o único jeito de derrotar as criaturas, é anulando essa habilidade delas. Alvis então pega a Monado e ativa um novo símbolo nela, matando um dos Telethia. Ele então entrega a espada de volta para Shulk, afirmando que ele controla a espada, e não é a espada que se controla. Shulk então consegue ativar o novo símbolo da Monado, derrotando todos os Telethia com a ajuda de Alvis, mas ele diz que esses eram apenas crias do Telethia, e que o verdadeiro estava descansando após ser ferido por uma garota. Além, disso ele afirma que a Monado é capaz de alterar o tecido da existência, tando do material como do imaterial. Shulk então pergunta como ele sabia tanto sobre a Monado, mas antes que ele falasse qualquer coisa, Reyn apareceu. Quando ele se vira para apresentar Reyn para Alvis, o mesmo havia sumido, e Reyn acaba não acreditando na história de Shulk.
Os dois então retornaram até o resto do grupo, onde Sharla usa o Éter para curar a garota. Ao acordar, a garota acaba batendo em Shulk, por ele estar tocando ela. A garota então se apresenta como Melia, mas se recusa a contar a eles o que ela estava fazendo na floresta. No entanto, ela decide ajudar o grupo, como pagamento por terem a ajudado, mostrando a eles o caminho até a cabeça de Bionis. Para chegarem até lá eles precisam passar pelo Mar de Eryth. O grupo então se dirige ao Vilarejo da Fronteira, uma cidade dentro de uma árvore aonde os Nopon vivem.
Ao chegarem no vilarejo, os habitantes estranhamente se referem a Melia como "Senhora Pássaro". Após conseguirem a permissão do Chefe Dunga para poderem acessar o Mar de Eryth, Shulk decide conversar com Melia, por estar preocupado com ela. Ao se encontrar com ela, Shulk se lembra de Alvis ter mencionado que uma garota havia ferido o Telethia, acreditando que era ela, o que ela confirma ser verdade. Ele então conta a ela sobre suas visões e como ele havia derrotado as crias do Telethia. O grupo então se oferece para ajudá-la a derrotar o Telethia, mas ela acaba recusando. No entanto, o Chefe Dunga, o qual estava escutando a conversa, a convenceu a aceitar e ofereceu a eles o seu melhor guerreiro e herói para ajudar. Dungan então pede que eles se encontrem na parte debaixo da árvore, onde seu guerreiro estava se preparando.
Ao chegarem lá, o grupo é apresentando a Riki, o melhor guerreiro dos Nopon. Embora o grupo acredite que ele seja inútil, a pequena criatura parece ter algum conhecimento do Telethia, a quem ela chama de "Dinofera". No entanto, é revelado que Riki só está sendo enviado com o grupo porque se ele completar essa missão, todas as suas dívidas serão esquecidas. Graças ao conhecimento de Riki, o grupo então se dirige ao local onde o Telethia se encontra. Ao chegarem no local, o grupo é atacado pelo Telethia, mas ao cortarem um de seus membros fora, eles descobrem que a criatura também possuía a habilidade de regeneração. Desmotivados pela descoberta, o grupo acaba desistindo da luta, mas Shulk consegue os animar novamente. Conforme o combate continuava, o Telethia acabou absorvendo tanta energia que ele implodiu. O grupo então retornou ao vilarejo dos Nopon, para continuarem com sua jornada, onde o Chefe Dunga acabou fazendo com que Riki continuasse com o grupo. Ao partirem, Melia revela que para entrarem na Ilha Prisão, eles precisarão da sanção do imperador dos High Entia.
Os High Entian[]
Ao chegarem no Mar de Eryth, o grupo avista a Ilha Prisão e a capital dos High Entia, Alcamoth, uma cidade voadora e altamente tecnológica. Ao chegarem em Alcamoth, o grupo é recebido por guardas, os quais chamam Melia de "Senhora", deixando todos confusos. Melia então pede aos outros que esperem no local, enquanto ela vai com os guardas. No entanto, quando ela parte, mais guardas aparecem e prendem o grupo.
Sem saber da prisão do grupo, Melia segue caminho até o Imperador, enquanto duas mulheres misteriosas a vigiam. Ao chegar na sala do trono, é revelado que Melia é filha do Imperador, Sorean, e seu irmão Kallian é o próximo imperador da linhagem. Ela é parabenizada por ter conseguido derrotar o Telethia, mas quando ela menciona Shulk e o resto do grupo, ela acaba descobrindo que eles foram presos. Quando questionados sobre o motivo disso, eles afirmam ser por causa da Monado. Seu irmão então conta a ela sobre uma antiga lenda, passada de geração em geração, sobre a espada divina Monado. De acordo com a lenda, o próprio Bionis concederia sua espada a um escolhido. No entanto, se esse escolhido possuísse um coração maligno, ele acabaria causando a destruição dos High Entia. O Imperador então afirma que o Vidente Divino já foi enviado para interrogar Shulk, para saber suas verdadeiras intenções. Após o seu pai partir, o seu irmão revela que ela será a nova Imperatriz, ficando no seu lugar como a próxima da linhagem a se sentar no trono.
Enquanto isso, o grupo conversava na sala onde havia sido presos, quando dois guardas entraram anunciando a chegada do Vidente Divino para os interrogar. Para a surpresa de Shulk, o Vidente Divino não era ninguém menos do que Alvis. Alvis então os libera, permitindo que eles vaguem pela cidade. Shulk tenta perguntar sobre a Monado para Alvis, mas ele pede que Shulk tenha paciência. Mais tarde, um guarda entra na sala procurando por Alvis, pois um trabalhador que estava consertando um transporte no Mar de Eryth estava com problemas. Como Alvis já havia partido, o grupo se ofereceu para o ajudar em sua missão.
Enquanto o grupo salvava o trabalhador, o qual havia sido cercado por monstros, Alvis se apresentava diante do Imperador, contando tudo que sabia sobre Shulk. Quando Alvis afirma que o Telethia havia ficado tão poderoso por causa da quantidade de Éter presente no ambiente, o Imperador afirma que a ressurreição de Bionis havia começado. O Imperador então questiona Alvis sobre a Monado, e ele afirma acreditar que ela não irá trazer a destruição, pois apesar de sua visão estar embaçada, ele consegue ver um feixe de luz. O Imperador então deseja realizar a cerimônia de inauguração de Melia o mais breve possível. Yumea, a madrasta de Melia e uma das mulheres que a estava vigiando anteriormente, sugere a Prova da Tumba, um ritual que não era mais conduzido há gerações, devido a muitos sucessores terem morrido nele. Apesar de Kallian ser contra, Sorean concorda, assim como Melia também. Enquanto isso, o grupo retorna para a cidade após terem completado sua missão.
A Prova da Tumba[]
Ao retornarem a sua sala, o grupo vê uma multidão reunida em frente ao palácio, o que Shulk acredita ser uma cerimônia. O Imperador então anuncia sua nova sucessora ao povo, a Princessa Melia, o que acaba surpreendendo o grupo. Após o Imperador informar que Melia irá passar pela Prova da Tumba e a cerimônia ter acabado, Shulk têm uma visão, onde Melia é morta em um altar. Logo após, Yumea, a madrasta de Melia, estando a sós com sua serva Tyrea, confessa odiar os Homs, e por isso acredita que Melia não deve se tornar Imperadora, pois ela é metade Hom. Tyrea se oferece para acabar com Shulk e o resto do grupo, e Yumea aceita, pois assim estará se livrando de poderosos aliados de Melia. No entanto, Kallian está escondido vigiando elas, e apesar de não poder ouvir a conversa das duas, ele reconhece a máscara que Tyrea está usando.
Enquanto isso, o grupo conversa sobre Melia, e quando Shulk conta eles sobre sua visão, cinco mulheres vestidas como Tyrea entram no local, prontas para os matar. Alvis, tendo sentido o perigo, corre para os ajudar, mas acaba chegando um pouco atrasado, já que o grupo havia derrotado todos os inimigos. Logo após Kallian também chega ao local, e Alvis diz que as cinco atacantes eram assassinas da Ordem Bionita, um antigo grupo que servia a família imperial, o qual todos acreditavam estar extinto. Acreditando que seu pai não sabia nada a respeito de tal grupo, Kallian se pergunta qual seria a motivação delas, quando se lembra da mulher que ele havia visto junto de sua mãe, a qual usava uma máscara igual as das assassinas. Shulk então os avisa a respeito de sua visão, onde Melia morria, e eles correm para tentar salvá-la.
Ao chegarem ao local, Melia já havia entrado na Tumba, e Kallian proíbe o grupo de entrar também, pois a lei dos High Entia não permite que outra pessoa acompanhe o sucessor. Mas Dunban afirma que a lei não se aplica a eles, já que eles são Homs, ao que Kallian concorda. Alvis então leva o grupo até a entrada da Tumba, onde Shulk o questiona novamente sobre a Monado. Alvis diz que ele faz parte de uma longa linhagem de Videntes Divinos que podem ver o futuro e usar a Monado, no entanto ele precisa passar por um ritual para poder ver o futuro. Por Shulk ter visões repentinas, Alvis acredita que ele possui um poder maior que o seu. Alvis também conta que a Monado pode controlar o Éter, e com isso, qualquer desejo seu pode se realizar. Devido a esse grande poder, os High Entia esconderam e selaram a Monado durante séculos, mas ela acabou parando nas mãos dos Homs. Ao entrarem na Tumba, Alvis sussurra sem que ninguém ouça que Bionis está despertando.
Enquanto isso, Melia, a qual já se encontra dentro da Tumba, passa por uma análise genética, para verificar se ela é uma High Entia da realeza. Quando o grupo chena nesse mesmo aposento, Reyn acaba ativando o analisador genético. No entanto, como ele é um Homs, uma armadilha abre abaixo do grupo. Melia, enquanto isso, passa por todas as provas, chegando até a tumba de seu ancestral, onde ela encontra uma inteligência artificial co a mente do primeiro Imperador. A IA diz para Melia ficar alegre, pois ela é 80% Homs, sendo que o desejo deles estava quase completo. Quando questionado, ele afirma que o propósito deles, como decretado por Bionis, estava ligado a sequência genética deles. Eles passaram milênios analisando sequências genéticas para se liberarem dessa maldição e só encontraram uma que tornaria isso possível. Ele então fornece a ela um selo e diz que ela será a próxima, e provavelmente a última, a governar os High Entia. Melia é então atacada por Tyrea.
O grupo sobrevive a queda, mas terão que percorrem um longo caminho graças a imprudência de Reyn. Eles passaram por diversos desafios na Tumba e derrotaram o guardião dela. Justo quando eles chegam na sala onde Melia está, um enorme Telethia aparece. O grupo então enfrenta o Telethia e Tyrea ao mesmo tempo, e após um longo confronto, o Telethia acaba explodindo, mas Alvis consegue salvar a todos, absorvendo a explosão. No entanto, após a poeira baixar, Tyrea já havia sumido. Feliz por ver todos novamente, Melia os agradece, e o grupo se dirige a saída da Tumba.
Melia então vai ao encontro de seu pai, contar tudo o que aconteceu. Apesar de ter recebido ajuda de Shulk e dos outros, seu pai acredita que ela era merecedora de se tornar Imperatriz, e sua coroação é marcada para um ano após a morte de Sorean. Enquanto descansavam, o grupo se perguntava o motivo de Melia ser escolhida como sucessora, ao invés de Kallian. Shulk então foi convocado pelo Imperador, o qual questiona o motivo de ele querer derrotar os Mechon, ao que Shulk responde ser vingança. O Imperador então conta a Shulk que a invasão dos Mechon estava diminuindo os níveis de Éter no Bionis, e de acordo com uma antiga profecia, será a Monado que irá salvar a todos. Shulk então pede permissão para ir até a Ilha Prisão, mas o Imperador conta que seus ancestrais esconderam algo secreto lá dentro, e ninguém podia entrar para não perturbar esse segredo. Ele então pede uma última a coisa a Shulk, não como um Imperador, mas como um pai, para que ele seja um amigo de Melia, ao que Shulk alegremente aceita. Enquanto isso, Lorithia, uma conselheira real, e Alvis conversam sobre um "plano".
A Ilha Prisão[]
Um mês atrás, Alvis mostrou ao Imperador uma visão do futuro, a mesma que Shulk teve, onde eles enfrentam um Mechon no topo de uma torre, onde Sorean acaba morrendo.
Nos dias atuais, em Mechonis, Vanea se encontra como uma figura misteriosa que ordena um ataque a Ilha Prisão. Um pequeno grupo de Mechon com rostos são liderados pelo Cara de Metal até o local. Durante o trajeto, o Cara de Metal começa a provocar um Mechon menor, o mesmo que Vanea estava trabalhando anteriormente. Eles acabam se encontrando as defesas Anti-Mechon dos High Entia e entram em combate.
Enquanto isso, o grupo decide ir visitar Melia. Ao chegarem em sua casa, eles a encontram com suas asas expostas pela primeira vez. Enquanto conversavam, Melia mencionou sua primeira mãe, explicando ao grupo que todos os Imperadores devem ter duas esposas, uma High Entia, no caso Yuema, a mãe de Kallian, e outra Homs, nesse caso a mãe de Melia, a qual morreu anos antes dos acontecimentos do jogo. No entanto, nem todos concordam com essa prática, por isso Melia sempre usa uma máscara ao sair em público. Ela então convida o grupo para um banquete, ao que eles alegremente aceitam. Antes que ela partisse, Shulk acabou tendo uma visão do pai de Melia sendo morto por um Mechon, a mesma visão que Alvis havia mostrado ao Imperador um mês atrás. No entanto, antes que Shulk pudesse avisar o grupo sobre sua visão, dois guardas chegaram os avisando que os Mechon estavam atacando a cidade. Ao descobrir sobre o ataque dos Mechon, o Imperador se dirige à Ilha Prisão.
Quando Shulk conta sobre sua visão ao grupo, Melai corre até o palácio, para poder impedir seu pai de ir até a Ilha Prisão. Infelizmente eles acabam chegando muito tarde, e o Imperador já havia partido. Eles então decidem partir para a ilha, a fim de resgatar o Imperador, mesmo que Kallian tenha sido contra essa decisão. No entanto, para entrarem na ilha o grupo precisa desfazer dois selos.